Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов




Скачать 84.79 Kb.
НазваниеФотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов
Дата17.03.2013
Размер84.79 Kb.
ТипДокументы
Автобиография


Чудаков Дмитрий Михайлович, 1978 года рождения, закончил биологический факультет Московского Государственного Университета им. М.В. Ломоносова в 2000 г. Начиная с 2000 года,. работал в лаборатории Молекулярных технологий для биологии и медицины ИБХ РАН над поиском новых флуоресцентных белков, их изучением, разработкой новых вариантов с улучшенными и принципиально новыми характеристиками, а также ряда молекулярных инструментов и прикладных технологий на их основе.

В 2003 году Чудаков Д.М. защитил кандидатскую диссертацию по теме «Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов», по специальности «Молекулярная биология».

C 2008 года Чудаков Д.М. возглавил независимую группу Флуоресцентных инструментов для иммунологии и нейробиологии в том же институте.

В 2011 году Чудаков Д.М. защитил докторскую диссертацию по теме «Генетически кодируемые флуоресцентные инструменты для исследования живых систем», по специальности «Молекулярная биология».


Под руководством Чудакова Д.М. были подготовлены и успешно защищены кандидатские диссертации по теме разработке новых инструментов на основе флуоресцентных белков:

Суслова Екатерина Андреевна, «Высококонтрастные генетически кодируемые сенсоры на основе зеленого флуоресцентного белка», 2008 год, по специальности «Молекулярная биология».

Щербо Дмитрий Сергеевич, «Дальнекрасные флуоресцентные белки», 2010 год, по специальности «Молекулярная биология».


До момента образования лаборатории Геномики Адаптивного Иммунитета Чудаков Д.М. исполнял обязанности руководителя группы «Флуоресцентных инструментов для иммунологии и нейробиологии» отдела Геномики и постгеномных технологий ИБХ РАН.


Чудаков Д.М. является одним из ведущих специалистов в области генетически кодируемых молекулярных инструментов, автором 59 научных публикаций в ведущих отечественных и международных научных журналах, таких как Биоорганическая Химия, Биохимия, Nature Biotechnology, Nature Medicine, Nature Methods, Nature Chemical Biology, Nature Reviews Molecular Cell Biology, Physiological Reviews, Journal of Biological Chemistry, Trends in Biotechnology, Biochemistry, Proceedings of National Academy of Sciences USA, EMBO Reports, EMBO Molecular Medicine, и др.


Индивидуальный индекс цитирования Чудакова Д.М. на апрель 2012 г., согласно международной базе данных Web of Science: 2000. Индекс Хирша: 21.


Сведения о научной и научно-организационной работе Чудакова Д.М. за последние пять лет:

публикации в рецензируемых журналах:

  1. Souslova EA, Chudakov DM. Genetically encoded intracellular sensors based on fluorescent proteins. Biochemistry (Mosc). 2007 Jul;72(7):683-97.

  2. Shcherbo D, Merzlyak EM, Chepurnykh TV, Fradkov AF, Ermakova GV, Solovieva EA, Lukyanov KA, Bogdanova EA, Zaraisky AG, Lukyanov S, Chudakov DM. Bright far-red fluorescent protein for whole-body imaging. Nature Methods. 2007, 4, 741-746.

  3. Merzlyak EM, Goedhart J, Shcherbo D, Bulina ME, Shcheglov AS, Fradkov AF, Gaintzeva A, Lukyanov KA, Lukyanov S, Gadella TW, Chudakov DM. Bright monomeric red fluorescent protein with an extended fluorescence lifetime. Nature Methods. 2007, 4, 555-557.

  4. Chudakov DM, Lukyanov S, Lukyanov KA. Using photoactivatable fluorescent protein Dendra2 to track protein movement. Biotechniques. 2007, 42:553, 555, 557.

  5. Souslova EA, Belousov VV, Lock J, Stromblad S, Kasparov S, Bolshakov AP, Pinelis VG, Labas YA, Lukyanov S, Mayr LM, Chudakov DM. Single fluorescent protein-based Ca2+ sensors with increased dynamic range. BMC Biotechnol. 2007, 7:37.

  6. Chudakov DM, Lukyanov S, Lukyanov KA. Tracking intracellular protein movements using photoswitchable fluorescent proteins PS-CFP2 and Dendra2. Nature Protoc. 2007, 2, 2024-2032.

  7. Pletneva NV, Pletnev SV, Chudakov DM, Tikhonova TV, Popov VO, Martynov VI, Wlodawer A, Dauter Z, Pletnev VZ. Three-dimensional structure of yellow fluorescent protein zYFP538 from Zoanthus sp. at the resolution 1.8 angstrom. Bioorganic chemistry, Russian. 2007 Jul-Aug;33(4):421-30.

  8. Subach OM, Gundorov IS, Yoshimura M, Subach FV, Zhang J, Grüenwald D, Souslova EA, Chudakov DM, Verkhusha VV.Conversion of red fluorescent protein into a bright blue probe. Chem Biol. 2008 Oct 20;15(10).

  9. Pletnev S, Shcherbo D, Chudakov DM, Pletneva N, Merzlyak EM, Wlodawer A, Dauter Z, Pletnev V.A Crystallographic Study of Bright Far-Red Fluorescent Protein mKate Reveals pH-induced cis-trans Isomerization of the Chromophore. J Biol Chem. 2008 Oct 24;283(43):28980-7.

  10. Zakharova MY, Dubiley SA, Chudakov DM, Gabibov AG, Shemyakin IG, Kolesnikov AV.Substrate specificity of the anthrax lethal factor. Dokl Biochem Biophys. 2008 Jan-Feb;418:14-7.

  11. Shkrob MA, Mishin AS, Chudakov DM, Labas YA, Lukyanov KA. Chromoproteins of GFP family: properties and applications. Bioorganic chemistry, Russian. 2008.

  12. Shcherbo D, Murphy CS, Ermakova GV, Solovieva EA, Chepurnykh TV, Shcheglov AS, Verkhusha VV, Pletnev VZ, Hazelwood KL, Roche PM, Lukyanov S, Zaraisky AG, Davidson MW, Chudakov DM. Far-red fluorescent tags for protein imaging in living tissues. Biochem J. 2009 Mar 15;418(3):567-74.

  13. Mutoh H, Perron A, Dimitrov D, Iwamoto Y, Akemann W, Chudakov DM, Knöpfel T. Spectrally-resolved response properties of the three most advanced FRET based fluorescent protein voltage probes. PLoS ONE. 2009;4(2):e4555.

  14. Shcherbo D, Souslova EA, Goedhart J, Chepurnykh TV, Gaintzeva A, Shemiakina II, Gadella TW, Lukyanov S, Chudakov DM. Practical and reliable FRET/FLIM pair of fluorescent proteins. BMC Biotechnol. 2009 Mar 25;9:24.

  15. Zakharova MY, Kuznetcov NA, Dubiley SA, Kozyr AV, Fedorova OS, Chudakov DM, Knorre DG, Shemyakin IG, Gabibov AG, Kolesnikov AV. Substrate recognition of anthrax lethal factor examined by combinatorial and pre-steady-state kinetic approaches. J Biol Chem. 2009 Jul 3;284(27):17902-13.

  16. Bogdanov AM, Mishin AS, Yampolsky IV, Belousov VV, Chudakov DM, Subach FV, Verkhusha VV, Lukyanov S, Lukyanov KA. Green fluorescent proteins are light-induced electron donors. Nature Chem Biol. 2009 Jul;5(7):459-61.

  17. Serebrovskaya EO, Edelweiss EF, Stremovskiy OA, Lukyanov KA, Chudakov DM, Deyev SM. Targeting cancer cells by using an antireceptor antibody-photosensitizer fusion protein. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jun 9;106(23):9221-5.

  18. Mamedov IZ, Britanova OV, Chkalina AV, Staroverov DB, Amosova AL, Mishin AS, Kurnikova MA, Zvyagin IV, Mutovina ZY, Gordeev AV, Khaidukov SV, Sharonov GV, Shagin DA, Chudakov DM, Lebedev YB. Individual characterization of stably expanded T cell clones in ankylosing spondylitis patients. Autoimmunity. 2009 Sep;42(6):525-36.

  19. Pletnev S, Gurskaya NG, Pletneva NV, Lukyanov KA, Chudakov DM, Martynov VI, Popov VO, Kovalchuk MV, Wlodawer A, Dauter Z, Pletnev V. Structural basis for phototoxicity of the genetically encoded photosensitizer KillerRed. J Biol Chem. 2009 Nov 13;284(46):32028-39.

  20. Bogdanov AM, Bogdanova EA, Chudakov DM, Gorodnicheva TV, Lukyanov S, Lukyanov KA. Cell culture medium affects GFP photostability: a solution. Nature Methods. 2009 Dec;6(12):859-60.

  21. Zhang L, Gurskaia NG, Kopantseva EE, Mudrik NN, Vagner LL, Luk'ianov KA, Chudakov DM. Identification of the Amino Acid Residues Responsible for the Reversible Photoconversion of the Monomeric Red Fluorescent TagRFP Protein. Bioorganic chemistry, Russian. 2010 36 (2):187–192.

  22. Guo F, Liu B, Tang F, Lane S, Souslova EA, Chudakov DM, Paton JF, Kasparov S. Astroglia are a possible cellular substrate of angiotensin(1-7) effects in the rostral ventro-lateral medulla. Cardiovasc Res. 2010 Aug 1;87(3):578-84.

  23. Koutsopoulos OS, Laine D, Osellame L, Chudakov DM, Parton RG, Frazier AE, Ryan MT. Human Miltons associate with mitochondria and induce microtubule-dependent remodeling of mitochondrial networks. Biochim Biophys Acta. 2010 May;1803(5):564-74.

  24. Zhdanov AV, Ward MW, Taylor CT, Souslova EA, Chudakov DM, Prehn JH, Papkovsky DB. Extracellular calcium depletion transiently elevates oxygen consumption in neurosecretory PC12 cells through activation of mitochondrial Na(+)/Ca(2+) exchange. Biochim Biophys Acta. 2010 Sep;1797(9):1627-1637.

  25. Chudakov D.M., Matz, M.V., Lukyanov S., Lukyanov K.A. Fluorescent Proteins and their Applications in Imaging Living Cells and Tissues. Physiological Reviews, 2010 Jul;90(3):1103-63.

  26. Lukyanov KA, Serebrovskaya EO, Lukyanov S, Chudakov DM. Fluorescent proteins as light-inducible photochemical partners. Photochem Photobiol Sci. 2010 Oct 28;9(10):1301-6. Epub 2010 Jul 30.

  27. Leder L, Stark W, Freuler F, Marsh M, Meyerhofer M, Stettler T, Mayr LM, Britanova OV, Strukova LA, Chudakov DM, Souslova EA. The Structure of Ca2+ Sensor Case16 Reveals the Mechanism of Reaction to Low Ca2+ Concentrations. Sensors. 2010, 10(9), 8143-8160; doi:10.3390/s100908143.

  28. Shcherbo D, Shemiakina II, Ryabova AV, Luker KE, Schmidt BT, Souslova EA, Gorodnicheva TV, Strukova L, Shidlovskiy KM, Britanova OV, Zaraisky AG, Lukyanov KA, Loschenov VB, Luker GD, Chudakov DM. Near-infrared fluorescent proteins. Nature Methods. 2010 Oct;7(10):827-9.

  29. Zvyagin IV, Mamedov IZ, Britanova OV, Staroverov DB, Nasonov EL, Bochkova AG, Chkalina AV, Kotlobay AA, Korostin DO, Rebrikov DV, Lukyanov S, Lebedev YB, Chudakov DM. Contribution of functional KIR3DL1 to ankylosing spondylitis. Cell Mol Immunol. 2010 Nov;7(6):471-6.

  30. Teh C, Chudakov DM, Poon KL, Mamedov IZ, Sek JY, Shidlovsky K, Lukyanov S, Korzh V. Optogenetic in vivo cell manipulation in KillerRed-expressing zebrafish transgenics. BMC Dev Biol. 2010 Nov 2;10:110.

  31. Figueiredo M, Lane S, Tang F, Liu B, Hewinson J, Marina NG, Kasymov V, Souslova EA, Chudakov DM, Gourine AV, G Teschemacher AG, Kasparov S. Optogenetic experimentation on astrocytes. Exp Physiol. 2011 Jan;96(1):40-50.

  32. Serebrovskaya EO, Gorodnicheva TV, Ermakova GV, Solovieva EA, Sharonov GV, Zagaynova EV, Chudakov DM, Lukyanov S, Zaraisky AG, Lukyanov KA. Light-induced blockage of cell division with a chromatin-targeted phototoxic fluorescent protein. Biochem J. 2011 Apr 1;435(1):65-71.

  33. Mamedov IZ, Britanova OV, Bolotin DA, Chkalina AV, Staroverov DB, Zvyagin IV, Kotlobay AA, Turchaninova MA, Fedorenko DA, Novik AA, Sharonov GV, Lukyanov S, Chudakov DM, Lebedev YB. Quantitative tracking of T cell clones after haematopoietic stem cell transplantation. EMBO Mol Med. 2011 Apr;3(4):201-7.

  34. Britanova OV, Staroverov DB, Chkalina AV, Kotlobay AA, Zvezdova ES, Bochkova AG, Chudakov DM. Single high-dose treatment with glucosaminyl-muramyl dipeptide is ineffective in treating ankylosing spondylitis. Rheumatology International. 2011 Aug;31(8):1101-3.

  35. Korzh V, Teh C, Kondrychyn I, Chudakov DM, Lukyanov S. Visualizing compound transgenic zebrafish in development: a tale of green fluorescent protein and KillerRed. Zebrafish. 2011 Mar;8(1):23-9.

  36. Shui B, Wang Q, Lee F, Byrnes LJ, Chudakov DM, Lukyanov SA, Sondermann H, Kotlikoff MI. Circular permutation of red fluorescent proteins. PLoS One. 2011;6(5):e20505.

  37. Pletneva NV, Pletnev VZ, Shemiakina II, Chudakov DM, Artemyev I, Wlodawer A, Dauter Z, Pletnev S. Crystallographic study of red fluorescent protein eqFP578 and its far-red variant Katushka reveals opposite pH-induced isomerization of chromophore. Protein Sci. 2011 Jul;20(7):1265-74.

  38. Serebrovskaia EO, Stremovskiĭ OA, Chudakov DM, Luk'ianov KA, Deev SM. Genetically encoded photoimmunosensitizer. Bioorg Khim. 2011 Jan-Feb;37(1):137-44.

  39. Wang Q, Byrnes LJ, Shui B, Röhrig UF, Singh A, Chudakov DM, Lukyanov S, Zipfel WR, Kotlikoff MI, Sondermann H. Molecular Mechanism of a Green-Shifted, pH-Dependent Red Fluorescent Protein mKate Variant. PLoS One. 2011;6(8):e23513.

  40. Luker KE, Schmidt BT, Winkler JS, Scherbo D, Chudakov DM, Luker GD. Imaging Ligand Receptor Binding with Gaussia Luciferase Complementation. Nature Medicine. 2012;18(1):172-7.

  41. Britanova OV, Bochkova AG, Staroverov DB, Fedorenko DA3, Bolotin DA, Mamedov IZ, Turchaninova MA, Putintseva EA, Kotlobay AA, Lukyanov S, Novik AA, Lebedev YB, Chudakov DM. First autologous hematopoietic SCT for ankylosing spondylitis: a case report and clues to understanding the therapy. Bone Marrow Transplantation, 2012.

патенты:

  1. United States Patent 7,638,615. Fluorescent proteins and methods for using same issued December 29, 2009, Inventors: Lukyanov; Sergey A. (Moscow, RU), Chudakov; Dmitry M. (Moscow, RU)




  1. EP1994149 - Novel fluorescent proteins and methods for using same. Inventors: Lukyanov; Sergey A. (Moscow, RU), Chudakov; Dmitry M. (Moscow, RU).



Список грантов, научных контрактов и договоров, в выполнении которых участвовал претендент, с указанием его конкретной роли.

  1. грант РФФИ 07-04-12189-офи 2007 - 2008 исполнитель

  2. грант РФФИ 08-04-01702-а 2008 - 2010 руководитель

  3. грант РФФИ 09-04-12235-офи_м 2009 - 2010 исполнитель

  4. грант РФФИ 09-04-92603-КО_а 2009 - 2010 руководитель

  5. грант РФФИ 11-04-12042-офи-м 2011 - 2012 исполнитель

  6. грант РФФИ 11-04-92122-ЯФ_а 2011 - 2012 руководитель

  7. грант РФФИ 12-04-00229-а 2012 - 2014 руководитель

  8. Грант Министерства образования и науки РФ 11.G34.31.0017, 2010-2012, исполнитель.

  9. Грант Министерства образования и науки РФ 16.512.11.2139, 2011-2012. руководитель.

  10. Программа РАН Молекулярная и Клеточная Биология, новая группа, 2008-2010, руководитель.

  11. Программа РАН Молекулярная и Клеточная Биология, новая группа, 2011-2012, руководитель.

  12. Грант Фонда содействия отечественной науке 2011-2012, руководитель.

Сведения о личном участии претендента в научных мероприятиях (съезды, конференции, симпозиумы и иные научные мероприятия) с указанием статуса доклада (приглашенный, пленарный, секционный, стендовый) и уровня мероприятия (международное, всероссийское, региональное).

Показаны только устные доклады за последние 5 лет:



2007,

февраль

Мельбурн, Австралия

'3rd Annual FABLS Workshop', at BIO21 Molecular Science and Biotechnology Institute, Melbourne University, Australia. Novel tools developed on the basis of fluorescent proteins

Приглашенный Докладчик

Международная конференция




2007,

февраль

Лорне, Австралия

The 32nd Lorne Conference on Protein Structure and Function Erskine Mantra Resort, Novel fluorescent proteins-based tools

Приглашенный Докладчик

Международная конференция




2007

15-18 октября

Пущино,

Россия

Четвертая международная конференция " Нанобио- и другие новые и перспективные биотехнологии", Флуоресцентные белки. Перспективы использования.

Приглашенный Докладчик

Международная конференция




2007

Вашингтон

Janelia Farm, Novel fluorescent proteins-based tools


Приглашенный Докладчик

Международная конференция



2008, февраль

Москва

Международная конференция им. Гельгольца.

Новые инструменты на основе флуоресцентных белков.


Приглашенный Докладчик

Международная конференция



2009, 11 декабря

Токио,

RIKEN

«Green fluorescent proteins as light-induced electron donors:

natural functions and practical consequences»


Приглашенный Докладчик

региональное



2009, 14-17 декабря

Осака,

Япония

Symposium on Watching Biomolecules in Action «Green fluorescent proteins as light-induced electron donors: natural functions and practical consequences»

Приглашенный Докладчик

Международная конференция



2010

Москва

20th anniversary Korea-Russia Science & Technology Forum_2010


Приглашенный Докладчик

Международная конференция



from 11 to 14 Sept, 2011

Страсбург, Франция

Strasbourg, France

12th Conference on Methods and Applications of Fluorescence: Spectroscopy, Imaging and Probes (MAF-12). Fluorescent proteins and tools: Moscow news.

Приглашенный Докладчик

Международная конференция



2011

23-25 октября

Амстердам, Голландия

2nd International Conference on Immune Tolerance. First HSCT for Ankylosing spondylitis: case report and long term tracking of TCR repertoire changes by massive sequencing.

Приглашенный Докладчик

Международная конференция



Сведения об участии претендента в подготовке и проведении научных мероприятий.

-

Сведения о педагогической деятельности претендента (чтение курсов лекций, проведение семинаров, научное руководство аспирантами и консультирование докторантов, другие виды педагогической деятельности).

Под руководством Чудакова Д.М. защищено две кандидатские диссертации и 9 дипломных работ. Д.М. Чудаков проводил практические занятия в ходе практикума для студентов кафедры молекулярной биологии биологического факультета МГУ, который проходил на базе лаборатории генов регенерации ИБХ РАН в 2001-2008 годах.

Сведения о премиях и наградах за научную и педагогическую деятельность.

  1. Лауреат программы "Выдающиеся ученые. Кандидаты и доктора наук РАН", 2006-2007, 2008-2009 гг.

  2. Лауреат грантов Президента Российской Федерации молодым российским ученым, 2006-2007, 2008-2009 гг.

  3. Диплом I степени МАИК за лучшую публикацию в журнале «Биоорганическая химия» за 2007 год.

  4. Премия конкурса МАИК «Наука/Интерпериодика» на лучшую публикацию по биологическим наукам за 2008 год.

  5. Диплом за лучшую публикацию в журналах РАН за 2008 год.

  6. Диплом II степени МАИК за лучшую публикацию в журнале «Биоорганическая химия» за 2010 год.

  7. Диплом за наиболее цитируемую публикацию 2011 года в журналах группы BJ Cell.


Работы Чудакова Д.М входили в список Важнейших Итогов деятельности РАН.


Сведения об участии претендента в редакционных коллегиях научных журналов.

Ассоциированный член редколлегии журнала BMC Biotechnology.


д.б.н. Чудаков Д.М.

Похожие:

Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconКонтрольная работа №2 для слушателей «нулевого» курса по итогам изучения второго раздела программы по биологии
Тип Кишечнополостные. Общая характеристика типа и классификация. Особенности строения и жизнедеятельности гидроидных. Особенности...
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов icon16. Переваривание белков и обмен азота
Общая схема катаболизма белков от поступления пищевых белков до катаболизма аминокислот в клетках. Заменимые и незаменимые аминокислоты....
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconЛитература: Лекция по теме «Протеолиз»
...
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconЛекция 9 Взаимодействия определяющие структуру молекул белков
Согласованность структуры белков по ближним взаимодействиям. Согласованность локальных и дальних по цепи, взаимодействий. Энергетика...
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconКонтрольная работа №1 (Химия белков, витамины, ферменты, обмен белков и нуклеотидов) Дать определение третичной структуры белков. Указать типы связей, ее стабилизирующие
...
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconПлан: Взаимосвязь обменов веществ: Образование углеводов из белков и белков из углеводов
Пути взаимосвязи обменов белков, углеводов и липидов. Общие источники энергии и общие промежуточные продукты. Общие пути распада....
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconУрок химии по программе О. С. Габриеляна 10 класс «Строение, свойства и функции белков»
...
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconПлан самостоятельной внеаудиторной работы по биохимии для студентов педиатрического факультета на осенний семестр 2012-2013 уч года
Активный центр белков и его взаимодействие с лигандами. Доменная структура и ее роль в функционировании белков
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconПлан самостоятельной внеаудиторной работы по биохимии для студентов лечебного факультета на осенний семестр 2012-2013 уч года
Активный центр белков и его взаимодействие с лигандами. Доменная структура и ее роль в функционировании белков
Фотоконверсия окрашенных белков из коралловых полипов iconПрограмма 9 16 ноября 2010 г г. Москва Место проведения конференции: Учреждение Российской академии наук
Особенности межмолекулярного узнавания рнк и белков в процессе трансляции у эукариот: структурные элементы рибосомных белков S15...
Разместите кнопку на своём сайте:
Библиотека


База данных защищена авторским правом ©lib.znate.ru 2014
обратиться к администрации
Библиотека
Главная страница