Коллективного пользования российской академии наук




НазваниеКоллективного пользования российской академии наук
страница14/25
Дата31.08.2012
Размер2.01 Mb.
ТипДокументы
1   ...   10   11   12   13   14   15   16   17   ...   25

ОТДЕЛЕНИЕ БИОЛОГИЧЕСКИХ НАУК




ЦКП «Физические методы исследования биополимеров»



1. ЦКП «Физические методы исследования биополимеров» (ЦКП) создан на базе лаборатории спектрального анализа Института биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН) и имеет статус лаборатории института. Адрес ЦКП: 117997 Москва, В-437, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 ИБХ РАН, телефон руководителя ЦКП (095)330-59-29, факс (095)335-50-33, e-mail: aars@nmr.ru


2. ЦКП «Физические методы исследования биополимеров» создан в 2004 г., приказ по ИБХ РАН № 41-к от 29.01.04 на основании рекомендаций Департамента культуры науки и образование Аппарата Правительства Российской Федерации. До этого с 2000 г. в ИБХ РАН существовал ЦКП «Центр биомолекулярной ЯМР-спектроскопии высокого разрешения».


3. Основные области исследования, которыми занимается ЦКП: 1) структура, динамика и функция белков и пептидов; 2) аналитический метод анализа любых веществ (спектроскопии ЯМР), содержащих ядро, обладающее спином (1H, 13C, 15N, 19F, 31P и т.д.).


4. ЦКП располагает следующим приборным парком:

- Спектрометр ЯМР DRХ-500 фирмы Brucker (Германия, 1998). Основные характеристики спектрометра– рабочая частота на ядрах водорода 500 МГц, датчики для исследования ядер водорода, фтора, фосфора, углерода, азота и других с частотой от 20 до 240 МГц.

- Спектрометр UNITY 600 фирмы Varian (США), год выпуска 1989, реконструкция 1992, 1995. Основные характеристики - рабочая частота на ядрах водорода 600 МГц, датчики для исследования ядер водорода, фтора, фосфора, углерода, азота и других с частотой от 50 до 250 МГц.

- Спектрофотометры Beckman ACTA-MV1 (1976 г.) и Cary-219 (1984 г.) фирмы Вариан, США. Позволяют записывать спектры поглощения и пропускания в области 200 - 800 нм в двухлучевом или однолучевом режиме. Имеют кюветное отделение для сильно рассеивающих образцов, приставки для получения спектров от серии образцов в режиме сравнения и термостатированную ячейку с термоконтролером.

- Спектрополяриметр J-500А (JASCO, Япония, 1989 г.), позволяет записывать спектры КД в области 190-700 нм.

- Поляриметр DIP-360 фирмы JASCO, Япония, 1987 г.), измеряет углы оптического вращения, углы специфического и молекулярного вращения с использованием длин волн 589, 577, 546, 435, 365 нм.

-Установки для спектроскопии КР, резонансного КР (РКР) и гигантского КР (ГКР), включающие спектрометр КР Z24 (Dilor, Франция, 1984 г.) на диапазон 400-630 нм с тройным монохроматором и одноканальной системой детекции, (Spectra-Physics, Германия, 1979 г.), или спектрометр КР Ramanor HG-2S (Jobin Yvon, Франция, 1978 г.) на диапазон 400-750 нм (Spectra-Physics, Германия, 1979 г.), мощность 3 Вт.

- Экспериментальная установка для микроспектрального конфокального анализа и реконструкции спектральных микроизображений, ( 1999-2000 гг.).

Компьютерное обеспечение состоит из:

- 24-процессорного компьютерного кластера, собранного на процессорах AMD Athlon MP 2200+, использующего сеть Myrinet для межпроцессорного обмена и управляющую сеть Fast Ethernet. Суммарная оперативная память кластера составляет 12 ГБ, пиковая производительность по тесту Linpack 40 Гфлоп/с. Год выпуска 2002.

Все приборы стоят на балансе ИБХ РАН


5. Письмо-просьба на имя директора ИБХ РАН, заявки иногородних пользователей принимаются на общих основаниях, требования по подготовке материалов (образцов) для исследований:

Спектроскопия ЯМР и ЭПР – навеска в сухом виде и заявка с указанием растворителя, стабильности образца и указание задачи, стоящей перед пользователем.

Биоинформатика и молекулярное моделирование – совместимость форматов файлов пользователей с ПО ЦКП.

Спектроскопия оптических методов анализа – раствор определенной концентрации и определенного состава с указанием стабильности образца и задачи, стоящей перед пользователем.

Спектроскопия ЯМР и ЭПР – в графическом и/или электронном виде с комментариями экспериментатора.

Биоинформатика и молекулярное моделирование – в электронном и печатном виде (файлы структур, траектории, графики, рисунки, таблицы),

Спектроскопия оптических методов анализа – в графическом и/или электронном виде с комментариями экспериментатора.


6. Изучение пространственной структуры и внутримолекулярной динамики в белках и пептидах методами спектроскопии ЯМР и компьютерного моделирования: с помощью гетероядерной спектроскопии 1H-15N ЯМР получена пространственная структура и описана внутримолекулярная динамика димера белка L7/L12 из рибосомы E. Coli. Предложена гипотеза движения рибосомного домена L7/L12 в рибосоме при связывании с ней факторов элангации. Эта гипотеза позволяет объяснить относительные движения большой и малой субчастиц рибосомы при реакции транслокации;

определена структура водородных связей в молекуле пептидного антибиотика зервамицина IIB, Впервые в мире экспериментально наблюдалась бифуркационная водородная связь с одним донором и двумя акцепторами.

Методом МД установлена взаимосвязь между динамическими характеристиками белка и его термостабильностью; для фосфогистидина предложена модель силового поля, позволяющая исследовать поведение промежуточных фосфорилированных состояний белков;

Исследование хромофора флуоресцентных белков (методом ЯМР).

С использованием спектроскопии ЯМР установлена структура тетра- и трехантенных сиалогликопептидов, являющихся ингибиторами клеточной адгезии вируса гриппа – потенциальных терапевтиков вирусной инфекции. Методом ЯМР подтверждена структура целого ряда меченных (биотин, флуоресцеин, BODIPY) и липофильных производных олигосахаридов, использованных в химико-биологических исследованиях. На основе синтезированных олигосахаридов, структура которых установлена с использованием спектроскопии ЯМР, получены полиакриламидные гликоконъюгаты, применяющиеся для изучения углевод-белковых и углевод-углеводных взаимодействий.


7. Публикации:

Е.Н. Люкманова, А.А. Шульга, Д.А.Арсеньева, К.А. Плужников, Д.А. Долгих, А.С.Арсеньев, М.П. Кирпичников. Экспрессирующая конструкция для наработки в Escherichia coli нейротоксина из яда кобры Naja oxiana в виде гибрида с тиоредоксином. Биоорган. химия, 2004, т. 30, № 1, с. 30-40.

Bocharov E.V., Sobol A.G., Pavlov K.V., Korzhnev D.M., Jaravine V.A., Gudkov A.T., Arseniev A.S. From structure and dynamics of protein L7/L12 to molecular switching in ribosome. J. Biol. Chem. 2004, v. 279, p. 17697-17706.

Shirokova E.A., Jasko M.V., Khandazhinskaya A.L., Ivanov A.V., Yanvarev D.V., Skoblov Yu.S., Mitkevich V.A., Bocharov E.V., Pronayeva T.R., Fedyuk N.V., Kukhanova M.K., Pokrovsky A.G. The synthesis, stability and antiviral properties of new phosphonate derivatives of 3’-azidi-3’-deoxythymidine and 2’,3’-dideoxy-2’,3’-didehydrothymidine. J.Med.Chem. 2003, (принято в печать)

Z.O. Shenkarev, T.A. Balashova, Z.A. Yakimenko, T.V. Ovchinnikova, A.S. Arseniev Refinement of structural and dynamics properties of Zervamicin-IIB from trans-hydrogen bond J couplings. Biophys. J. (принято в печать)

Д.С. Корчуганов, А.А. Шульга, Я.С. Ермолюк, В.А. Митькевич, М.Я. Рейбарх, С.Б. Нольде, А.А. Макаров, А.С. Арсеньев, М.П. Кирпичников. Мутация I87E препятствует димеризации барстара. Биоорган. химия, 2004, т. 30, № 4, (принято в печать).

Vasily E. Zagranichny, Natalia V. Rudenko, Andrey Yu. Gorokhovatsky,Mikhail V. Zakharov, Zakhar O. Shenkarev, Tamara A. Balashova, Alexander S. Arseniev. zFP538, a yellow fluorescent protein from coral, belongs to the DsRed-subfamily of GFP-like proteins but possesses the unexpected site of fragmentation. Biochemistry, 2004 (принято в печать)

А.А. Пахомов, Т.А. Балашова, Н.Ю.Мартынова, Н.Г. Гурская, В.И. Мартынов. Фотопревращение хромофора флуоресцентного белка из Dendronephthya sp. Биохимия, 2004 (принято в печать)

Полянский А.А., Косинский Ю.А., Ефремов Р.Г. Локальные температурно-обусловленные изменения подвижности в молекулах тиоредоксинов связаны с их термостабильными свойствами. Биоорган. химия, 2004. – принято в печать.

Kosinsky Yu.A., Volynsky P.E., Lagant P., Vergoten G., Suzuki E., Arseniev A.S., Efremov R.G. (2004) Development of the Force Field Parameters for Phosphoimidazole and Phosphohistidine. J. Comput. Chem. – accepted.

1   ...   10   11   12   13   14   15   16   17   ...   25

Похожие:

Коллективного пользования российской академии наук iconУчреждение российской академии наук институт прикладной физики (ипф ран)
Обеспечение центром коллективного пользования научным оборудованием комплексных исследований в области использования микроволнового...
Коллективного пользования российской академии наук iconУчреждение российской академии наук институт прикладной физики (ипф ран)
Обеспечение центром коллективного пользования научным оборудованием комплексных исследований в области использования микроволнового...
Коллективного пользования российской академии наук iconРоссийской академии наук отделение общественных наук российской академии наук
Комитет тпп РФ по содействию модернизации и технологическому развитию экономики россии
Коллективного пользования российской академии наук iconПрограмма организаторы конференции: Отделение Физиологии Российской Академии Наук Отделение медико-биологических наук Российской Академии
Конференция будет проходить в период с 22 по 26 июня 1998 г в г. Москве в новом здании Президиума Российской Академии Наук по адресу:...
Коллективного пользования российской академии наук iconСибирское отделение российской академии наук комиссия российской федерации по делам юнеско
Российской Академии наук, Российского фонда фундаментальных исследований (грант №11-04-06805-моб г), Правительства Новосибир
Коллективного пользования российской академии наук iconОбщего собрания российской академии наук
«О работе Комиссии Президиума ран по совершенствованию структуры Российской академии наук»
Коллективного пользования российской академии наук iconОбщего собрания российской академии наук 17 мая 2005 года /утреннее
О работах, удостоенных Больших золотых медалей Российской академии наук имени М. В. Ломоносова 2000 г
Коллективного пользования российской академии наук iconМалогабаритные многоканальные оптические спектрометры на основе схемы Черни-Тернера
Работа выполнена в Учреждении Российской академии наук Институте автоматики и электрометрии Сибирского отделения Российской академии...
Коллективного пользования российской академии наук iconРоссийская академия наук
Институт востоковедения Российской академии наук (Санкт-Петербургский филиал) совместно с Центром цивилизационных и региональных...
Коллективного пользования российской академии наук iconБазальный уровень ионов кальция и его регуляция в волокнах постуральной мышцы крысы и монгольской песчанки в условиях гравитационной разгрузки
Работа выполнена в Учреждении Российской Академии Наук Государственном научном центре Российской Федерации – Институте медико-биологических...
Разместите кнопку на своём сайте:
Библиотека


База данных защищена авторским правом ©lib.znate.ru 2014
обратиться к администрации
Библиотека
Главная страница