Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология»




Скачать 449.01 Kb.
НазваниеМетодические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология»
страница1/4
Дата18.11.2012
Размер449.01 Kb.
ТипМетодические рекомендации
  1   2   3   4


Федеральное агентство по образованию

Бийский технологический институт (филиал)

государственного образовательного учреждения

высшего профессионального образования

«Алтайский государственный технический университет

имени И.И. Ползунова»


Е.П. Каменская, М.В. Обрезкова


ИДЕНТИФИКАЦИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ


Методические рекомендации к лабораторным работам

по курсам «Общая биология и микробиология», «Микробиология» для студентов специальностей 240901 «Биотехнология»,
260204 «Технология бродильных производств и виноделие»
всех форм обучения


Бийск

2007

УДК 579.118:579.22


Каменская, Е.П. Идентификация микроорганизмов: методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология
и микробиология», «Микробиология» для студентов специальностей 240901 «Биотехнология», 260204 «Технология бродильных произ-водств и виноделие» всех форм обучения / Е.П. Каменская,
М.В. Обрезкова.


Алт. гос. техн. ун-т, БТИ. – Бийск:

Изд-во Алт. гос. техн. ун-та, 2007. – 36 с.


В настоящих методических рекомендациях рассматриваются основные понятия, правила и принципы классификации и идентификации микроорганизмов. Приводится лабораторная работа по изучению различных свойств бактерий, необходимых для описания бактериального штамма и идентификации его до уровня рода.


Рассмотрены и одобрены

на заседании кафедры

«Биотехнология».

Протокол № 88 от 25.10.2007 г.


Рецензент:

д.б.н., профессор Гайнанова Н.К., БПГУ им. В.М. Шукшина


© БТИ АлтГТУ, 2007

©

Каменская Е.П., Обрезкова М.В., 2007

1 ОСНОВНЫЕ ПОНЯТИЯ И ПРАВИЛА НАИМЕНОВАНИЯ

МИКРООРГАНИЗМОВ


Описано несколько тысяч видов микроорганизмов, однако считают, что это составляет менее 1 % от реально существующих. Изучение разнообразия микроорганизмов составляет предмет систематики. Основной ее задачей является создание естественной системы, отражающей филогенетические взаимоотношения микроорганизмов. До последнего времени систематика микроорганизмов базировалась преимущественно на фенотипических признаках: морфологических, физиологических, биохимических и др., поэтому существующие системы классификации носят в значительной степени искусственный характер. Однако они позволяют сравнительно легко идентифицировать некоторые вновь выделенные штаммы микроорганизмов.

Систематика включает такие разделы, как классификация, номенклатура и идентификация. Классификация определяет порядок помещения индивидуумов, обладающих заданной степенью однородности, в определенные группы (таксоны). Номенклатура представляет собой свод правил наименования таксонов. Идентификация означает определение принадлежности изучаемого организма к тому или иному таксону.

Термин «таксономия» часто используют как синоним систематики, однако иногда под ним понимают раздел систематики, включающий теорию классификации, учение о системе таксономических категорий, границах и соподчинении таксонов. Основной таксономической категорией в микробиологии, как и в других биологических науках, является вид совокупность особей, характеризующихся рядом общих морфологических, физиолого-биохимических, молекулярно-генетических признаков.

Под термином «штамм» понимают чистую культуру микроорганизма, выделенную из определенного места обитания (воды, почвы, организма животного и т.д.). Разные штаммы одного вида микроорганизмов могут различаться по некоторым признакам, например, чувствительности к антибиотикам, способности синтезировать некоторые продукты метаболизма и т.д., но эти различия меньше, чем видовые. Понятие «штамм» в микробиологии и генетике несколько различаются: в микробиологии это понятие является более широким. Виды микроорганизмов объединяют в таксономические категории более высокого порядка: роды, семейства, порядки, классы, отделы, царства. Эти категории называют обязательными. Предусмотрены также необязательные категории: подкласс, подпорядок, подсемейство, триба, подтриба, подрод, подвид. Однако в систематике необязательные категории используются довольно редко.

Номенклатура микроорганизмов подчиняется международным правилам. Так, имеется Международный кодекс номенклатуры бактерий. Для дрожжевых грибов основным руководством является «The Yeasts. A Taxonomic Study», для мицелиальных грибов и водорослей – Международный кодекс ботанической номенклатуры.

Для наименования объектов в микробиологии, как в зоологии и ботанике, используют бинарную или биноминальную (от лат. bis дважды) систему номенклатуры, в соответствии с которой каждый вид имеет название, состоящее из двух латинских слов. Первое слово означает род, а второе определяет конкретный вид этого рода и называется видовым эпитетом. Родовое название всегда пишется с заглавной буквы, а видовое со строчной даже в том случае, если видовой эпитет присвоен в честь ученого, например Clostridium pasteurianum. В тексте, особенно с латинской графикой, все словосочетание выделяют курсивом. При повторном упоминании названия микроорганизма родовое название можно сократить до одной или нескольких начальных букв, например С. pasteurianum. Если в тексте встречаются названия двух микроорганизмов, которые начинаются с одной и той же буквы (например, Clostridium pasteurianum и Citrobacterfreundii), то сокращения должны быть разными (С. pasteurianum и Ct. freundii). Если микроорганизм идентифицирован только до рода, вместо видового эпитета пишут слово sp. (species – вид), например Pseudomonas sp. В этом случае при повторном упоминании названия микроорганизма в тексте родовое название следует всегда писать полностью.

Для наименования подвида используют словосочетание, состоящее из названия рода, а также видового и подвидового эпитетов. Для разграничения этих эпитетов между ними пишут буквенное сочетание, представляющее собой сокращенное слово subspecies – «subsp.» или (реже) «ss.». Например, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus.

Для каждого штамма указывают также аббревиатуру названия коллекции культур микроорганизмов, в которой он хранится, и номер, под которым он там значится. Например, Clostridium butyricum АТСС 19398 означает, что штамм хранится в американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection, АТСС) под номером 19398. Список коллекций микроорганизмов, пользующихся мировой известностью, приводится в «Руководстве Берджи по систематике бактерий» (Bergeys Manual of Systematic Bacteriology, 1984–1989), в каталогах культур микроорганизмов и других справочных изданиях.

Описание любого нового вида микроорганизмов базируется на типовом штамме, который хранится в одной из коллекций микроор-ганизмов и на основании совокупности свойств которого данный вид

характеризуется в оригинальной статье или определителе. Типовой штамм является номенклатурным типом вида, поскольку за ним закреплено видовое название. Если какие-либо штаммы, первоначально включенные в тот же вид, в дальнейшем будут признаны заслуживающими выделения в особые виды, они должны получить новые названия, а старое видовое название сохраняется за типовым и родственным ему штаммами. При этом номер переименованного штамма сохраняется прежним. Аутентичными называют штаммы, полностью совпадающие по своим свойствам.

Для рода номенклатурным типом является специально обозначенный типовой вид, обладающий набором наиболее характерных для представителей данного таксона признаков. Например, в роде Bacillus типовым видом является В. subtilis.

В некоторых определителях и каталогах указывают старые названия переименованных микроорганизмов, а также приводят фамилии авторов, которые первыми выделили данный микроорганизм, и год публикации, в которой впервые описан этот организм. Например, один из видов дрожжей указывается в каталоге Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ) как Candida magnoliae (Lodder et Kreger van Rij, 1952) Meyer et Yarrow 1978, BKM Y-1685. Это означает, что он впервые был описан Lodder и Kreger van Rij в публикации 1952 г., тогда этот вид был назван Torulopsis magnoliae. В 1978 г. Torulopsis magnoliae был переименован такими исследователями, как Meyer и Yarrow, в Candida magnoliae и хранится в настоящее время в ВКМ под номером ВКМ Y-1685. Буква Y перед номером штамма означает «the Yeasts» – дрожжи.

Кроме понятия «штамм» в микробиологии применяют термины «вариант», «тип», «форма». Они обычно используются для обозначения штаммов микроорганизмов, отличающихся по некоторым признакам от типового штамма. Штамм, отличающийся от типового по морфологическим особенностям, называют морфовар (морфотип), физиолого-биохимическим особенностям – биовар (биотип, физиологический тип), по способности синтезировать определенные химические соединения – хемовар (хемоформа, хемотип), условиям культивирования – культивар, по типу ответа на внедрение бактериофага – фаговар (фаготип, лизотип), антигенным характеристикам – серовар (серотип)
и т.п.

В работах по генетике микроорганизмов часто используют термин «клон», под которым подразумевают популяцию генетически родственных клеток, полученную неполовым путем из одной родительской клетки. В молекулярной биологии клоном называют множественные

копии идентичных последовательностей ДНК, полученные при их встраивании в клонирующие векторы (например, плазмиды). Под термином «генетически модифицированные», или «рекомбинантные», штаммы понимают штаммы микроорганизмов, полученные в результате генноинженерных манипуляций. Часто новые штаммы микроорганизмов получают с помощью мутагенов.

Каждый новый штамм микроорганизмов, выделенный из природных или техногенных источников, должен быть охарактеризован для получения полного набора данных о свойствах микроорганизма
в чистой культуре. Эти данные могут быть использованы, например, для составления паспорта ценных в промышленном отношении штаммов, а также для их идентификации.

Цель идентификации установить таксономическое положение исследуемого штамма на основании сравнения его свойств с изученными и принятыми (официально зарегистрированными) видами. Поэтому результатом идентификации обычно является отождествление исследуемого микроорганизма с каким-нибудь видом или отнесение
к определенному роду. Если исследуемый штамм или группа штаммов отличаются по своим свойствам от представителей известных таксонов, то они могут быть выделены в новый таксон. Для этого дают описание нового таксона, включающее например, в случае бактерий, следующее: перечень штаммов, входящих в таксон; характеристику каждого штамма; перечень свойств, рассматриваемых в качестве существенных
в таксоне; перечень свойств, которые квалифицируют таксон для представительства в ближайшем более высоком таксоне; перечень диагностических характеристик, дифференцирующих предлагаемый таксон от близкородственных таксонов; отдельное описание типового (для вида) штамма; фотографию микроорганизма.

Чтобы вновь предлагаемый таксон мог быть официально принят, его описание должно быть опубликовано в соответствии с определенными правилами. Например, действительное или узаконенное опубликование таксона бактерий предусматривает помещение статьи с его описанием в Международном журнале по систематике и эволюционной микробиологии «International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology» (IJSEM). Если публикация появляется в другом авторитетном научном журнале (эффективное опубликование), то оттиск статьи из этого журнала направляется в IJSEM. С 1980 г. в IJSEM регулярно публикуются так называемые списки узаконенных наименований бактерий. В них перечисляются все наименования бактерий, которые были опубликованы в IJSEM (действительное или узаконенное опубликование) или эффективно опубликованы прежде в каких-либо

других авторитетных журналах. После внесения наименования бактерий в список узаконенных IJSEM наименований это наименование признается действительным, независимо от того, было ли оно ранее опубликовано в IJSEM или другом журнале. Дата появления публикации наименования данного таксона в IJSEM или в списке узаконенных наименований IJSEM является для таксона приоритетной.

Культура типового штамма нового вида микроорганизмов передается на хранение в одну из коллекций микроорганизмов мирового значения. В случае утери типового штамма возможна его замена на так называемый неотиповой штамм. При этом должно быть подтверждено, что свойства нового штамма хорошо совпадают с описанием утерянного. Чтобы показать, что таксон предлагается впервые, после названия нового семейства добавляется сокращенная комбинация «fam.nov.», нового рода – «gen. nov.», а нового вида – «sp. nov.». Например,
в 2000 г. О. И. Кеппен с соавторами было предложено новое семейство бактерий – Oscillochloridaceae, fam. nov. Выражение «species insertac sedis» означает, что речь идет о виде, временно не имеющем определенного таксономического статуса, так как не ясно, в какой таксон более высокого порядка – род или семейство – следует поместить данный вид из-за недостатка необходимых для этого экспериментальных
данных.


2 ОПИСАНИЕ И ИДЕНТИФИКАЦИЯ

МИКРООРГАНИЗМОВ

Как уже отмечалось, принципы классификации и идентификации разных групп прокариот и эукариотных микроорганизмов имеют существенные различия. Идентификация грибов до классов, порядков
и семейств основана на характерных чертах строения и способах образования, в первую очередь, половых структур. Кроме того, используется характеристика бесполых спороношений, строение и степень развития мицелия (зачаточный, хорошо развитый, септированный или несептированный), культуральные (колония) и физиологические признаки. Дифференциация родов внутри семейств и идентификация видов проводятся с применением морфологических признаков, полученных
с использованием электронной микроскопии, а также физиологических и культуральных особенностей. Единого определителя для идентификации всех грибов не существует, поэтому вначале определяют класс или порядок идентифицируемого гриба и далее пользуются соответствующим определителем для этого класса или порядка.

Идентификация дрожжевых грибов, которые относятся к числу широко используемых объектов разных микробиологических исследований, основана на культуральных (макроморфологических), цитологических, физиолого-биохимических особенностях, характеристике жизненных циклов и полового процесса, специфических признаках, связанных с экологией, и проводится с использованием специальных определителей для дрожжей.

В основе систематики микроскопических форм водорослей лежит строение их клеток и состав пигментов. Определение систематического положения простейших проводится с использованием морфологических особенностей и жизненных циклов. Таким образом, идентификация эукариот базируется главным образом на особенностях их морфологии и циклов развития.

Идентификация прокариот, которые морфологически менее разнообразны, чем эукариоты, основана на использовании широкого спектра фенотипических, а во многих случаях и генотипических признаков. Она в большей степени, чем идентификация эукариот, основывается на функциональных признаках, поскольку большинство бактерий можно идентифицировать не по их внешнему виду, а только выяснив, какие процессы они способны осуществлять.

При описании и идентификации бактерий изучают их культуральные свойства, морфологию, организацию клетки, физиолого-биохимические особенности, химический состав клеток, содержание

гуанина и цитозина (ГЦ) в ДНК, последовательность нуклеотидов в гене, кодирующем синтез 16S рРНК и другие фено- и генотипические признаки. При этом необходимо соблюдать следующие правила: работать с чистыми культурами, применять стандартные методы исследования, а также использовать для инокуляции клетки, находящиеся в активном физиологическом состоянии.

  1   2   3   4

Похожие:

Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания по лабораторным работам Факультет: электроэнергетический
Моделирование: методические указания по лабораторным работам. Вологда: Вогту, 2003. 35 с
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам
Методические указания к лабораторным работам разработан на основании рабочей программы дисциплины
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам
Методы оптимизации: Метод указания к лабораторным работам / Сост. П. В. Желтов и др.; Чуваш ун-т. Чебоксары, 2006. 24 с
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам по курсу
Методические указания к лабораторным работам по курсу "Internet технологии" для студентов специальности Т. 10. 01. 00 "Автоматизированные...
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания лабораторным работам по дисциплине «Химмотология»
В методических указаниях к лабораторным работам по дисциплине «Химмо- тология» приведены методы определения важнейших показателей...
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические рекомендации и задания
Левчук Ю. П., Охинченко Е. П., Сотников А. Д., Фоменко Т. А. Интернет для пользователя: Методические рекомендации и задания к лабораторным...
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам «спектральный анализ»
Методические указания к лабораторным работам «спектральный анализ» по спецкурсу «оптические методы анализа» для студентов 4 курса...
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам Муром 2005
Середа С. Н. Представление знаний в информационных системах. Логическое программирование/ Методические указания к лабораторным работам....
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам Рязань 2004
Дискретная математика: Методические указания к лабораторным работам / Рязанская государственная радиотехническая академия; Сост....
Методические рекомендации к лабораторным работам по курсам «Общая биология и микробиология» iconМетодические указания к лабораторным работам по курсу «Материаловедение»
Основные свойства строительных материалов: Методические указания к лабораторным работам по курсу «Материаловедение», «Строительные...
Разместите кнопку на своём сайте:
Библиотека


База данных защищена авторским правом ©lib.znate.ru 2014
обратиться к администрации
Библиотека
Главная страница